По микроклиматическим показателям Скельская пещера относится к теплому типу, т.е. в «нейтральной зоне» температура не опускается ниже 9⁰ С. Наличие сообщающихся пустот, расположенных выше и ниже отметок входа обуславливают постоянную и интенсивную циркуляцию воздуха, как в самой пещере, так и атмосферным воздухом. Установлено, что в летнее время воздух из полости через входное отверстие вытекает наружу, а в зимнее – поглощается.  В нижней части пещеры, где проходят лабиринты колодцев, наполненные водой,  температура воздуха снижается до 10⁰-11⁰ С, что связано с влиянием водотока с температурой воды 9,8⁰-10,0⁰ С. Но за счет температурного градиента  в верхней экскурсионной части пещеры температура  уже  составляет 12-13⁰ С, при относительная влажность воздуха 98-100%.